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1.丟失空白色增值稅發票必須按規定程序向當地主管稅務機關申報。納稅人應公布姓名、發票號、字軌號等。已遺失增值稅專用發票的納稅人到主管稅務機關指定的報刊等媒體，然后填寫《發票遺失被盜登記表》，持IC卡到主管稅務機關辦理電子發票返還或注銷手續。
2.丟失的空白色普通發票必須按規定程序向當地主管稅務機關申報。丟失普通發票的納稅人必須自行在轄區內地級市的報刊雜志上刊登遺失聲明，然后填寫《發票遺失被盜登記表》，持IC卡到主管稅務機關辦理電子發票返還或注銷手續。
稅務機關可以根據發票管理辦法，責令丟失空白色普通發票的納稅人限期改正，并處以1萬元以下的罰款。
丟失“已開具增值稅專用發票”納稅人丟失增值稅發票可分為有證和無證兩種情況。
1、發票開出未認證情形處理：(1)丟失發票和扣款。遺失前未認證的，買受人將持相應專票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證。如證明一致，經買方主管稅務機關審核同意后，賣方所在地主管稅務機關出具的專用票證記賬聯和《增值稅專用發票遺失納稅申報單》復印件可作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
(2)發票聯遺失的，可將增值稅專用發票抵扣聯作為會計憑證，保留增值稅專用發票抵扣聯復印件備查。
(3)記賬單丟失。發票開具后未發出的，開票單位可復印發票聯作為記賬憑證；如果已經發出，可以用金稅卡轉載的發票復印件和記賬復印件作為記賬憑證，主管稅務機關可以認證為記賬憑證。
(4)遺失所有聯次:納稅人在認證前遺失專用票所有聯次，按遺失空白色專用發票處理。
2、發票開出已認證情形處理：(1)遺失發票聯和抵扣聯在遺失前經證明一致的，經買方主管稅務機關審核同意后，買方可以使用相應的專票記賬聯復印件和賣方當地主管稅務機關出具的《遺失增值稅專用發票納稅申報單》作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
(2)如果免賠額復印件丟失，并且在丟失前已經過認證，發票復印件可以作為日后參考。
(3)如果發票聯丟失，抵扣聯可作為會計憑證，抵扣聯復印件可留存備查。
(4)記賬單丟失:發票開具后未發出的，開票公司可將發票單復制為記賬憑證；如果已經發出，可以用金稅卡轉載的發票復印件和記賬復印件作為記賬憑證，主管稅務機關可以認證為記賬憑證。
(5)遺失多次合一:納稅人已認證，但發票遺失的，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告，并登報聲明作廢。稅務機關應當責令丟失發票的納稅人限期改正，可以并處一萬元以下的罰款。納稅人從金稅卡上再次打印，金稅卡經主管稅務機關批準，作為會計憑證使用。
丟失“已開具的普通發票”納稅人開具的普通發票丟失，大多是保管不當造成的。未經稅務機關批準，發票收單人和開具人提供的復印件、證明等資料不能作為稅前扣除憑據。
(一)發票聯遺失的，應當在發票遺失當日或者次日(節假日順延)以書面形式報告主管稅務機關，并在主管稅務機關指定的報紙和其他媒體上刊登公告，聲明作廢。丟失發票并申請損失報表的納稅人必須在具有全國報紙編號的報紙上公布。
(2)發票開具方如丟失發票復印件，應重新開具發票，交由對方記錄。重新開具發票時，應在備注欄中填寫丟失發票的客戶名稱、發票類型代碼和編號、金額和開票單位。發票開具方在記賬時應附上遺失發票的其他復印件作為合法入賬憑證。
(3)取得發票一方遺失發票復印件的，應取得加蓋原開具單位公章的證明，并注明原發票號、金額及內容等。，經經辦單位負責人批準后方可作為原始憑證。
(4)納稅人遺失稅務機關開具的發票聯或發票記賬聯的，可向開具發票的稅務機關申請書面證明，或要求開具發票的稅務機關提供遺失發票存根聯復印件，經主管稅務機關審核后可作為合法憑證入賬。
(5)如果存根聯或記賬聯丟失，應取得發票復印件。發票復印件只有在提供原件的單位注明“此復印件由我單位提供，與原件一致”后，才能作為原件使用。
(6)納稅人遺失普通發票全部復印件的，按遺失空白色普通發票處理。